古代的中医是怎样知道人体内的器官构造的?

通过解剖。
中国解剖学的起源很早，但是由于封建礼教发展缓慢。不像内科外科一样发展成具体学科。
解剖”"两字最先在《灵抠·经水篇》中出现，“若夫八尺之土，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少……皆有大数。”
当然古代的解剖学有一定局限性。对朴素唯物主义哲学比较依赖。
在基础医学理论中引入朴素唯物主义的阴阳五行的理论结合脏腑的属性来解释脏腑的位置和功能。
古代器官的概念和今天有一定区别。像脾脏，古代是属于消化器官，而今天的脾脏是免疫器官。