康熙真的跪拜过朱元璋的陵墓吗？

当然是真的，而且是六次祭明孝陵（即朱元璋墓）
为康熙二十三年十一月、二十八年二月、三十八年四月、四十二年二月、四十四年四月、四十六年三月
康熙帝的六祭明孝陵是出于政治上目的，客观上大大地减轻民怨，增强汉满民族的统一，巩固了清朝的统治。

楼主真不是普通的磨人，花了半天给你找来了，为了完整性，比较长呦。下文有括号就是，
我从《康熙起居注》中把将第一次南巡祭明陵的详细内容奉上了，其余的五次我就不细述了。
【康熙南巡】
第一次南巡：（康熙二十三年）九月……辛卯，上启銮。冬十月壬寅，上次泰安，登泰山，祀东岳。辛亥，次桃源，阅河工，慰劳役夫，戒河吏勿侵渔。临视天妃闸。与河臣靳辅论治河方略。壬子，上渡淮。甲寅，次高邮湖，登岸行十馀里，询耆老疾苦。丙辰，上幸焦山、金山，渡扬子江，舟中顾侍臣曰：“此皆战舰也。今以供巡幸，然艰难不可忘也。”丁巳，弛海禁。戊午，上驻苏州。庚申，幸惠山。谕巡抚：百姓远道来观，其不能归者资遣之。十一月壬戌朔，上驻江宁。 （癸亥，诣明陵致奠。） 乙丑，回銮。泊舟燕子矶，读书至三鼓。侍臣高士奇请曰：“圣躬过劳，宜少节养。”上曰：“朕自五龄受书，诵读恒至夜分，乐此不为疲也。”丁卯，命伊桑阿、萨穆哈视察海口。谕曰：“海口沙淤年久，遂至壅塞。必将水道疏通，始免昏垫。即多用经费，亦所不惜。”辛未，临阅高家堰。次宿迁。过白洋河，赐老人白金。戊寅，上次曲阜。己卯，上诣先师庙，入大成门，行九叩礼。至诗礼堂，讲易经。上大成殿，瞻先圣像，观礼器。至圣迹殿，览图书。至杏坛，观植桧。入承圣门，汲孔井水尝之。顾问鲁壁遗迹，博士孔毓圻占对甚详，赐官助教。诣孔林墓前酹酒。书“万世师表”额。留曲柄黄盖。赐衍圣公孔毓埏以次日讲诸经各一。免曲阜明年租赋。庚寅，上还京。
——《清史稿·本纪七》
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初二日癸亥。是日，遣内阁学士席尔达、于明太祖陵读文致祭。巳时，上率内大臣、侍卫、部院官员往谒明太祖陵，于孝陵殿前行三跪九叩礼。次于宝城前三奠酒。
——《康熙起居注》（中华书局1246页）
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第二次南巡：二十八年己巳春正月庚午，诏南巡临阅河工。丙子启銮。诏所过勿令民治道。献县民献嘉禾。壬午，诏免山东地丁额赋。甲申，上