对方单位给我一张转账支票和两张进账单回单

没有问题，既然付款行已经接纳了你递进去的支票，付款单位的账肯定不存在问题，进账单是一式两联复写，要一同交银行，等款项转到你单位的帐上后会退一联给你单位做记账用，请不用担心。从付款行递进的转账支票很快会到收款方账户，你及时去查看，到账后可从你单位银行（收款银行）取回回单，确认该笔款项进账并记入银行账。