请问在北京市给外地员工上社保的时候是否还可以指定药店呢？

不是企业给你指定药店和医院，而是管理全市社保工作的社保中心指定的医保定点医院和医保定点药店，只有在医保定点医院看病的医疗费和在医保定点药店买的药费才能享受医保待遇，予以报销

不可以的，如果公司给你指定了，估计和该药店有什么猫腻或者协议，如果员工去该药店买药就有回扣什么的。只要有医保卡，到有医保标示的药店都可以刷卡买药的