房地产开发商归哪个行政部门主管？

你说的问题应当是工商部门受理。
但处理很困难。因为霸王合同并不是法律概念，正规法律描述是“经营者单方面选定或制定有利于自己的条款，减轻、免除自己的责任，加大消费者的义务”，对这种行为目前没有法律明确规定可以给予行政处罚或通过其他行政措施来进行监管的。
建议通过新闻媒体舆论监督促进其改善，除此以外别无他法。

要看是具体哪方面的问题，你要投诉什么。工商行政管理局、建设委员会、房产住宅局、城市规划局、国土资源局。
我们这里房产住宅局有“商品房科”，应该管你说的那些问题