我女儿满16岁了，她证明我分居两年行不行？

不行。
1.你女儿未成年，不属于完全行为能力人。
2.法律规定证人不能与民事纠纷当事人有直接的利害冲突。你的离婚诉讼关系到孩子的抚养权，直接影响孩子今后生活。且女儿是你的直系亲属。
3.你可到居住地居委会开证明，证明你夫妻分居。