一张增值税专用发票，纸质发票未发出已作废.但防伪税控系统未作废，请问在网上申报的时候怎么处理?

首先你得在防伪税控系统里作废这张发票。在网上申报时录入这张发票，是负数。这样就可以了。

国家税务总局
关于进一步做好增值税纳税申报“一窗式”管理工作的通知
国税函[2003]962号
第四条、对“票表稽核”比对不符问题处理办法
通过“票表稽核”发现纳税人申报异常，这是“一窗式”管理的成效。发现异常，要及时查明原因，并视不同情况处理。
（一）关于纳税人操作开票子系统作废不成功，造成申报数据小于防伪税控报税数据的问题，即纳税人当月只对纸质专用发票进行了作废处理，但对开票系统中的电子发票未执行作废操作或操作不成功，从而造成当月申报数据小于防伪税控报税数据。对于这种情况，税务机关要告诉纳税人如何进行作废操作，以免出现差错。纳税人在填写申报表时，必须自己核对ic卡记录数据，如有作废发票，而又不会对电子发票进行作废操作，申报数小于ic卡数时，在申报时应附上“说明”。纳税人对于因客观原因，出现“两个比对数字”不符时，都应附上“说明”。对于开票系统中发票存根联未执行作废操作或作废不成功的，税务机关应进行登记，并受理纳税申报。次月纳税人按照开具红字专用发票的方式在开票系统中开具负数发票，由此出现当月申报数据大于防伪税控报税数据，税务机关应当与上期所记录的情况进行核对，核对相符后受理纳税申报；核对不符的退回纳税人调整相符后重报。
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