公司注册时以一人的名义，我们在私下在定协议

只要公司赢利,股东也一直没变动,按协议分红,应该没问题；但时间长了，公司的经营状况、股东之间的关系都会发生变化，到时候就说不清了；建议你们还是以真实的投资比例去登记注册，这样即可以受法律保护，又使得自己的权益不受侵犯。

私下协议不受法律保护

可以，这叫捆绑。但你们几个人必须约定好你们各自的股份在转让时，必须经其他股东同意，并有优先购买权，还必须约定你们各自的债务纠纷不能牵连现公司财务。