海关增值税抵扣过了90天,真的不能低扣吗?可以和国税局通融吗

是的，海关完税凭证（进口增值税缴款书）与增值税专用发票的抵扣期限是一致的，自开票之日起90天内申报抵扣。附文件：

　　国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知（国税函[2004]128号）
　　各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局：
　　为有效防范利用海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关完税凭证）和废旧物资发票进行偷骗税的违法犯罪活动，强化增值税监管，堵塞税收漏洞，总局制定了《海关进口增值税专用缴款书稽核办法》和《废旧物资发票稽核办法》，现印发给你们，并将有关问题通知如下：
　　一、加强对海关完税凭证和废旧物资发票的管理是当前强化增值税管理、堵塞税收漏洞的重要措施。各地接到本通知后，要召开专门会议进行布置，并做好宣传工作，加强对有关税务人员和纳税人的培训，确保政策执行到位。
　　二、为了保证废旧物资发票、海关完税凭证、农产品收购凭证及运费发票等四种非增值税专用发票抵扣凭证的“一窗式”比对工作需要，《增值税一般纳税人纳税申报办法》（国税发〔2003〕53号）的报表内容作如下调整：
　　（一）将《增值税纳税申报表附列资料（二）》第5栏调整为：“其中：海关完税凭证”。该栏专门反映纳税人进口货物，按照税收法规规定依据海关完税凭证申报抵扣的进项税额情况，包括税率为17%、13%的进口货物。
　　（二）将《增值税纳税申报表附列资料（二）》第6栏调整为：“农产品收购凭证及普通发票”。该栏专门反映纳税人因购买免税农产品，按照税法规定依据开具的农产品收购凭证及取得的普通发票计算抵扣的进项税额情况。
　　（三）将《增值税纳税申报表附列资料（二）》第7栏调整为：“废旧物资发票”。该栏专门反映纳税人购买废旧物资，按照税法规定依据普通发票计算抵扣的进项税额情况。
　　（四）将《增值税纳税申报表附列资料（二）》第8栏调整为：“运费发票”。该栏专门反映纳税人因购进、销售货物，按照税法规定依据运输普通发票允许计算抵扣的进项税额情况。
　　三、有关海关完税凭证与废旧物资发票的信息采集、稽核比对问题，总局将另行规定。
　　四、对执行中遇到的问题，可集中反映到省国税局，由省国税局向总局咨询反映。
　　联系人：流转税司发票税控