为什么在化学反应中有的原子结合变成分子有的变成离子

你这个问题回答起来就麻烦了。
一：分子在化学中分为极性分子和非极性分子。极性分子比方说NACL，cuso4等等，而非极性分子有H2，O2，CcL4等等。
二：离子是由极性分子在一定条件下游离出来的带有电荷的原子。比方说CUSO4在水溶液中溶解以后会离解出二价铜离子和二价负硫酸根离子。
三：化学反应中，根据不同元素之间的对电荷吸引能力的大小和吉布斯自由能分解成为原子，和离子，然后根据反应后总的吉布斯自由能最低的原则结合在一起！也就是反应后生成的物质组合最为稳定。而具体是结合成极性分子还是非极性分子是看具体情况的，这里举两个例子。
NACL+AGNO3=AGCL+NANO3，在溶液中AGCL是沉淀，这里还是以离子存在于溶液中，只是AGCL的溶解度和低，单位水能够溶解的量很少而已。NANO3就不多说了。
KClO3+6HCl==KCl+3Cl2↑+3H2O
这里就生成了非极性分子的CL2，而H2O和KCL都是极性分子，在水中以离子状态来显示出来！
三：我从你的问题中看出，你对于分子和离子这两个概念有点没有说清楚。这里补充说下，分子是指不带电荷的中性的又原子或者离子结合在一起的物质单位，而离子是指带电荷的能独立存在的物质单位。它们所表示的意义是不同的。如还有什么请留言给我。

由原子的电负性决定。

事实上
化学反应在微观看来其实是伴随物理反应
就是看原子核能够附着电子的能力，原子带电以后与其他离子的结合能力
还有外界的条件 比如热、磁、水、电、真空等等

离子是由原子（包括原子团）或分子失去或得到电子后形成的带电粒子。原子失去电子后带正电荷，变成阳离子（或正离子）；得到电子后带负电荷，变成阴离子（或负离子）。带电的原子团如高锰酸根离子（MnO4-）、铜氨络离子{[Cu（NH3）4]2 }等，后者用定义2就难以说明。简单离子有三个重要特征，它们对离子的性质有决定性的影响：（1）离子电荷 简单离子所带的电荷数，就是该元素的化合价。例如，Fe-2e→Fe2 ，Fe2 带2个单位正电荷，铁的化合价是 2。Fe2 有还原性，而Fe3 有氧化性。（2）离子半径 测定离子化合物的核间距，可以算出离子的半径，如rI-＝216pm，rBr-=1