工商部门是否有权管网吧的盗版游戏问题？

工商局的处罚是违法行为。
即使你们网吧的单机游戏确实是盗版的，即属于侵权行为，那也是民事违法，不属于行政违法，对于民事违法行为进行行政处罚是违反行政法的。可以向上一级工商部门申请复议或者直接向法院提起行政诉讼，工商局肯定要败诉的。