年底亏损，国税和地税均要审计吗？

是的，不过最好之前你们请专门的会计师事务所做一次审计，然后给税务局审计报告就可以了，通常有审计报告证明的亏损，税务局不会再费很多功夫去查。

亏不亏他们都有权进行检查

看你们的所得税归国税还是地税管啊,不管你们所得税一般不审,不过在对你单位的其他税种检查的时候会注意这点的

税务是稽查,审计是适合政府部门之间.由审计局对各政府部门财务状况的检查