为什么我每次开机的时候防火墙都会提示在C盘有新建目录

很正常，不要担心。这是系统本身的问题。
不影响运行。

查查毒吧。
另外，把开始，程序里，启动中的内容全部删除

在开始,运行中输入msconfig
将启动项里除cofmon和杀毒软件外，其它全部禁用

这个应该是windows自动更新后留下的目录，不必理会，不会影响系统正常运行

不对, 自动更新是不会在那个位置建立文件夹的.
要不然你把自动更新关了试试先
建议: 先用优化大师查查启动项 , 如果可疑程序自动运行, 将其删除即可