只凭一份协议为证据物业公司告业主，能立案吗？

按照你的说法,你二年前与物业公司签订过协议,但此后没有再行签订,但你在此后是否交纳过物业费呢?
据我猜测,应该是交纳的,因为你的车不会在二年前就不见了吧,应该是近期的事.这样一来,物业虽然没有与你签订合同,但你还是接受了物业服务,并交纳了费用,你们之间形成了一种事实上的服务关系,在法律上也可视为原合同的延续.
因此,物业目前如果以欠费告你,证据还是相对充分的.
因此,有没有调解过程的证据不是那么重要的,当然你拒交费用还是有一定原因的,建议你们双方还是再行协商一下.

不知道这个观点你能否接受呢?如还有不明之处,可发消息进一步询问.

针对你的补充问题:
调解并不是法院受理案件的必经程序啊,法院本来就是处理纠纷的地方啊.但法院在案件的审理过程中会组织双方调解的.

法院是否受理是由法院按起诉书的内容等相关情况确定的。即使法院受理了，也可以组织庭外调解，这种案例很多。这种问题完全可以通过调解解决，没有必要一定要对簿公堂。
但有一点，物业有其他的什么过错，不能以拒交物业费相抗衡。

你不交费，那么你自己就犯了你们签的协议，不管谁告谁，你都是会有错误的，你不交费和你车被偷是两件事