如果出现两份相互矛盾、但已经分别加盖单位公章和法定代表人章的合同，以那份为主呢？

后者的法律效力更高些。
如果有时间的差异，后签订的具有法律效力。

看合同里有没有特别约定，比如必须加盖合同章、必须法人签字。
如果没有特别约定和证据，原则上，以后面的一份为准。

对外效果上,你提到的三种章都有效,不需区分效力.
是否有效,要看合同和签章的真实性,如果都是真实的,那在后的视为对在先的修改.
效力优先于在先的.

我的观点:
1.如果两份合同的内容完全不相容,则应以盖有法人章与公司合同专用章的为准。
因为单位公章一般用于公司全面事务,在该公司没有合同专用章时,则它是具有合同法上的效力的。但如果该公司设立了合同专用章,则特别设定的效力高于一般设立,这时如果公司公章设定的权利与合同专用章相抵触,则应是无效的。
2.如果这两份合同的内容部分对立,则对立部分后者有效前者失效。这两份合同的不对立部分应视为都具有法律效力,其合同条款该公司都必须履行。

两份都有效力．如果有时间的差异，后签订的具有法律效力．