法官是否可以在本院当被告

当然可以的，法律不禁止，但如果原告认为被告在自己工作单位接受审理可能影响案件公正审判的，可申请回避，这样上级法院可能会将案件移送其他法院审理。
相关法条：
《民事诉讼法》
第四十四条审判人员有下列情形之一的，应当自行回避，当事人有权用口头或者书面方式申请他们回避：
（一）是本案当事人或者当事人、诉讼代理人近亲属的；
（二）与本案有利害关系的；
（三）与本案当事人、诉讼代理人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
审判人员接受当事人、诉讼代理人请客送礼，或者违反规定会见当事人、诉讼代理人的，当事人有权要求他们回避。
审判人员有前款规定的行为的，应当依法追究法律责任。
前三款规定，适用于书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人。

有利害关系，应该由上级法院指定管辖。

1、当然可以在本案做被告了。民事诉讼法没有规定不可以啊。
2、其他的当事人可以申请其回避。这是当事人的权利，但是如果不行使的话，别人也不好说什么。
3、如果你是法官的话，还是不要做这种事了，一般而言人家会申请法官回避，没有办法只能是你们法院回避，这样你会碰一鼻子灰，还影响别人对你的评价。
如果你是其他当事人，一定要申请审判的法官回避；申请被驳回就上诉。
4、现实中有法官在自己的法院做被告的先例，并且还有法院院长在自己的法院做被告的先例。当然，出现了这种事情，大家的第一反映便是谩骂。

《民事诉讼法》第四十五条规定 审判人员有下列情形之一的，必须回避，当事人有权用口头或者书面方式申请他们回避：
（一）是本案当事人或者当事人、诉讼代理人的近亲属；
（二）与本案有利害关系；
（三）与本案当事人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
如果法官在本院当被告，存在上述规定的情形，当事人有权用口头或者书面方式申请他们回避

是利害关系人。应回避。

民事诉讼法中有规定

可以在本院作被告
但是因此需移送管辖