购入的原料，入库使用后（已转成本）才出现质量问题，现从应付货款中冲减部分，原料含税，如何做会计分录

根据双方经过协商总价值一次处理减少的金额数,由对方提供红字发票，再根据红字发票入帐:
借：原材料 （红字金额）
借: 应交税金——应交增值税（进项）（红字金额）
贷：应付账款 （红字金额）

应付货款中冲减部分是要让对方开具红字发票，再根据红字发票入帐就可以了：
借：原材料 （红字金额）
应交税金——增（进）（红字金额）
贷：应付账款 （红字金额）

先楼上的
借：原材料 （红字金额）
借: 应交税金——应交增值税（进项）（红字金额）
贷：应付账款 （红字金额）
然后还有
借: 生产成本--直接材料（红字金额）
贷:原材料 （红字金额）