一个关于农村集体土地住房低压的问题，恳请帮忙出一下办法

我家原有房屋为农村集体宅基地建造的住房，有房证。1996年被我父亲的一个朋友（朱某）把房证借走在农村信用社抵押贷款12万元（贷款1年期，房照留在了信用社），当时抵押合同有我父亲的签字（房子是共同财产，我母亲没有签字）。1997年朱某潜逃，至今下落不明。之后这些年信用社一直没有对我父亲进行起诉或者申请执行这套房子。去年，这套房子进行了翻盖，在办理房证的时候，镇城建所以原房子抵押为由，不予办理。
我认为首先抵押是无效的（理由是：1、农村集体土地住房不能抵押；2、共同财产抵押必须共有人同意；3、诉讼时效2年，物权保护2年，已经远远超过）。其次城建所不予办理新的房证是不应该的（1、不办理的理由就是口头说已经抵押给信用社了，没有也不可能有相应的他项登记；2、原由抵押物已经灭失了，新建的房屋没有相应的法律责任，如果有纠纷，也是信用社和我父亲的事情）。
现在面对的直接问题就是房证没办法办理。觉得应该有两条路可走：一是行政复议以至行政诉讼，为什么正常建房不给办房证；二是和起诉信用社，请求判决抵押无效，把老的房证要回来。
父亲现在年事以高，交友不慎，这件事情是他的心结。我不是学法律的，相应的法规和程序不是很了解，请求帮我分析一下，我应该怎么做才能把这件事妥善解决呢？

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