对某政府机关的派出机构有行政复议申请，行政主体是谁？

要看该派出机构是以谁的名义作出具体行政行为
如果是以机关授权机构自身名义作出的,那么行政主体就是派出机构,复议向政府机关提出
如果是以政府机关名义作出的,那么行政主体是政府机关,复议向政府机关的同级人民政府或者是上级主管部门(如果是直属管辖的,那么只有上级主管部门)提出
不过建议直接提起行政诉讼

对县级以上地方人民政府依法设立的派出机关的具体行为不服的，向设立该派出机关的人民政府申请行政复议；
对政府工作部门依法设立的派出机构依照法律、法规或者规章规定，以自己的名义作出的具体行政行为不复的，向设立派出机构的部门或者该部分的本级地方人民政府申请行政复议。

《行政复议法》第15条第1款第2项规定：“对政府工作部门依法设立的派出机构依照法律、法规或者规章规定，以自己的名义作出的具体行政行为不服的，向设立该派出机构的部门或者该部门的本级地方人民政府申请行政复议。”