两人合伙开的公司,现在合作不愉快,我可以行使权利让他离开公司吗?公司一直是亏损,该怎么退还股份?

如果没有特殊约定，应按比例分红，也按比例赔钱退股．

当然不可以，根据<合同法>每个合伙人原则上享有平等参与管理合伙事务的权利.你们的权利是平等的，不管你们入股时谁多谁少。
你们可以商议决定解散，股份按投入时的比例分配，如果一方不同意解散，你有权利退出你的股份,按当时入股的比例，分现在公司有的财产，当然责任也要分，除非你们另外有约定.