农村合作医疗会和商业保险冲突吗?

应该不会的。
农村合作医疗是一种政府行为，目的是减轻农民负担。由各级政府财政和参与人分担付出，直接受益于患病者。不存在其它经营目的。
而保险业是一种商业行为，其目的是从中获取利益。存在着经济利益关系。
其两者都倡导参与，应该不存在什么冲突。

社保是基础，商业保险是补充，所以不会有任何冲突的。城乡合作医疗和社保医疗都是属于社会保障体系范畴的内容。新品平安健康险e生保【保证续保版】产品购买地址：平安健康险官网

所以如果发生住院医疗的理赔的话首先在社会保障体系去报销，如果您购买过商业保险那么剩余部分按照合同内容来进行处理。太平人寿也把城乡合作医疗纳入社保范围，社保报销后真爱住院可报销90%。