被执行人在一个公司里有百分之五十一的股份

既然你说到“被执行人在一个公司里有百分之五十一的股份”，那么，这个公司就应该是有限责任公司或股份有限公司，而不是属于“被执行人”的个人独资企业。在法律上，它就是“法人”，拥有独立的法律地位。它的财产是由股东出资认股所组成的，换句话说，“被执行人”拥有的只是对该“法人”的股权，公司法人的财产是独立的，它不属于任何股东（虽然是由股东认购的），因此，这个公司的财产是执行不了的。
如果“被执行人”拥有一家个人独资企业的话，即该企业是他自己出资自己经营自负盈亏的，该企业的财产属于“被执行人”的，是可以依法予以执行的。
现在，你只能考虑“被执行人”在该公司里的那“百分之五十一的股份”，而不是该公司的财产。

查封这个公司的财产是肯定不行的，是不符合法律规定的，但是以往实践中我也曾经遇到有一些小地方的法院会采取这类做法。

理论上你可以选择执行该公司分配给他的红利，也可以考虑拍卖其在该公司的股权，但是采取这个措施之前，咨询一下你的律师或者当地律师是比较稳妥的做法。