公司要对员工进行培训,只能在晚上进行培训,而员工差不多每天都在加班,让我怎么组织啊?

首先你的培训需要得到领导的支持，如果说领导通知大家晚上全体培训，我想就没有人会加班了。
补充：我这里也是个工厂，我们的培训一般安排在员工倒班的时候，这个培训的时间最好和生产部门进行协商，结合生产计划进行。