问题1:房产证归我父亲所有能否拿回房产.2:不为他办理房产证合法吗?3:拿不回房产能否向购买者补贴一些损失.

晕~~肯定不可以拉~~你建房子的所有证件都卖给人了
你没有证据证明房子是你们建的

看你想不想要房子了，如果想要房子就可以不去办产权了，不过比较不合适。

1.不能。因为买卖以成事实。
2.合同上怎么规定的怎么办，没有规定的就不用帮他办，可以让他（房屋所有人）带着建房的证件及土地证到房产局申请补证。
还有就是，建房执照和土地证上的名字是谁的，如果是你父亲的，应该你父亲带相关证件去办理产权，然后依照合同过户给乙方。