我工作了多年后考上了研究生，录取调档的时候，我只把本科档案调过去，而不调工作档案可以吗？

档案不分那么多种，一个人就一份档案不会分开的

在校研究生根据毕业后的去向分为两种，一种是定向读研，即不需要调档（但是要在入学的时候把档案调到学校政审，审完后再寄回原单位），读研期间单位保留学生的档案、公职、工资和待遇，毕业后回到原单位工作，定向研究生需要在入学的时候与学校、单位签订定向协议（尤其需要经单位同意）；另一种是非定向读研，即与原单位完全脱离关系，读研期间档案带到学校，毕业后重新找工作。
按照你所说的情况，应该是准备定向读研（因为档案只有一份，本科那部分只是档案中的一部分，而且是不能单独抽出来的），那么可以考虑和单位签订定向协议，档案政审过之后还会交回原单位的。因为学校并不负责学生将来找工作的问题，其实学校更乐意学生定向读研，如果你能够和学校协商好的话，甚至可以由单位开出政审证明（证明你政治思想没问题，表现良好）交给学校，并证明你的档案在单位，不调档也是可以的。