你知道他什么时候来的吗?---翻译是Do you know when he did come?错了,为什么?

因为宾语从句必须要用陈述语序：主语+谓语动词

要改为：Do you know when he came?

Do you know when he will come.
宾语从句的谓语要用陈述句语序.

Do you know when he came。

这是宾语从句，后面的从句用它自己的时态。

那也应该是do you know when he comes?

宾语从句没有助动词的……而且不是过去式，是一般将来时。
应改为：Do you know when he will come?

事情还没发生，从句要用将来时，用陈述语序