雇佣关系可不可以申请劳动仲裁？

可以。根据《劳动争议调解仲裁法》第二条之相关规定
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。

不可以
是合同关系，只能到法院起诉

要看具体情况，如果是个体经营户雇佣，并且该个体经营户雇佣人数超过7人的，可以使用劳动法，可以认为是劳动关系，申请劳动仲裁。
（参照劳动部关于贯彻执行劳动法若干问题的意见：第一条：
“劳动法第二条中的“个体经济组织”是指一般雇工在七人以下的个体工商户。”）
以上意见仅供参考。