日本语中,生き物和生物这两个词是一样的吗?

不一样！！！！

生物，和中文的生物是一个意思。可以广义的理解为生物学。

生き物、 多半用来表示活着的东西或人。

例； 言叶は生き物だ。 语言是有生命的。
在这里如果用 生物 这个词的话， 意思就变成，语言是生物，显得不伦不类。

せい‐ぶつ【生物】
动物・植物・微生物など生命をもつものの総称。
细胞という単位からなり、自己増殖・刺激反応・成长・物质交代などの生命活动を行うもの。
いきもの

いき‐もの【生き物】
1 生きているもの。特に、动物。生物(せいぶつ)。「―をかわいがる」
2 生命があるかのように、生き生きとして、绝えず変化するもの。「言叶は―だ」

完全一样,其实这个就跟日语的音读训读一样理解即可,
生き物是训读,日本人自己发明的读法,
生物是音读,日本人模仿中国人的读法(虽然偏离得很厉害,根本找不到中文的影子)
其他比如:
食べ物（たべもの）、食物（しょくもつ）
用哪种,完全是根据个人喜好及习惯等。