我在一家公司的外设机构打工,它在当地没有注册,发生工伤,必须到总公司所在地去起诉吗??

根据我国法律，你还真得去被告所在地起诉。

不过劳动合同里都有仲裁条款。你看看诉讼管辖地是如何规定的。最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》中规定，发生劳动争议的企业与职工不在同一个仲裁委员会管辖地区的,由职工当事人工资关系所在地的仲裁委员会处理。你应该是在当地领工资的吧？只要合同中有仲裁条款，而且此条款没有明确必须在其总公司所在地仲裁，你就可以援用此款，要求在当地仲裁。当然，如果合同本来就写明在当地仲裁的话，那就完全没有问题了。