增值税的开票系统跟会计的记帐有关系吗

应该统一的。
税务局会不定期来查账的，查不出什么还好，如果查出来了，你还要解释半天的，最好一目了然，一清二楚的。

当然要一样啊，不然到时候查帐怎么查啊，货物名称都不一样了做帐还怎么算清楚阿

最好是统一的,或者写个总括(比如卖汽车保险杠,你可以在发票上写汽车配件),看你怎么方便吧.