生物DNA碱基对中的氢键和化学分子间的氢键是一回事吗？

是一回事，都是一分子的氢原子与另外一分子的电负性集团，比如羟基。羰基等通过分子间的范德华力结合，形成氢键。

不同
化学分子中的氢键 其实是一种特殊的分子间作用力
而生物中DNA是连接碱基的一种化学键

明显相同,正如杯子里的水与水壶里的水,还不都是水