我公司在购机器设备时，从另一公司借款，对借款费用作资本化处理，

借款的费用的确是不应该资本化，应该费用化直接计入当期损益。如果你们公司按照资本化处理可能会影响本期年度损益，资本化和费用化分类做的不对，还会影响现金流量表。影响损益就影响利润，影响利润就影响所得税。

所得税今年多交，明年就少交。其实也没什么太大影响，不过这个分类是性质的问题，调整以后能够更准确反映会计期间的损益。

购置固定资产发生的借款费用，在固定资产交付使用前计入固定资产价值，（即资本化）。交付使用后计入当期损益。这是规定。
你的处理并不错。你可以和会计事务所探讨一下。会计事务所也有政策掌握不准的时候。