不履行和解协议

恢复执行原判决。
根据民事诉讼法规定：当事人不履行和解协议的，人民法院可以根据当事人的申请，恢复对原生效法律文书的执行。
　　现行法律并不承认和解协议具有强制执行的法律效力，故不能直接申请对和解协议进行强制执行。此外，人民法院就双方争议已作出的生效判决书具有不容变更的既判力，因此，在法定程序被变更前，其对实体问题的处理结论是不允许被变更的，若以和解协议重新起诉，法院将不会受理。
　　若未按约定履行和解协议的，可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。和解协议将会因为原生效法律文书的恢复执行而自动解除。

既然乙公司撤回了仲裁申请，如果甲公司不履行协议，乙公司可以再次申请仲裁。此时的和解协议就无效了。甲公司当然有权索要5万元材料款。

《仲裁法》第四十九条 当事人申请仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书，也可以撤回仲裁申请。

第五十条 当事人达成和解协议，撤回仲裁申请后反悔的，可以根据仲裁协议申请仲裁。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国仲裁法》若干问题的解释
第二十八条 当事人请求不予执行仲裁调解书或者根据当事人之间的和解协议作出的仲裁裁决书的，人民法院不予支持。

可以以原协议重新申请仲裁

原仲裁协议仍然有效，可据其再次申请仲裁，但不能向法院起诉，即使法院已受理，只要对方在一审第一次开庭前提出双方存在有效仲裁协议，法院不应受理的异议，法院就应驳回起诉。但若起诉后对方应诉答辩并且没提出前述关于仲裁协议的异议，一审第一次开庭后又到庭参加审理的，法院就因此取得管辖权，同时仲裁协议也就失效了。

第一,可以再次申请仲裁.
第二.法院在审理的时候会认定和解协议有效,对甲公司不利.

可以呀，债权彼此都还存在

既然乙公司撤回了仲裁申请，如果甲公司不履行协议，乙公司可以再次申请仲裁。此时的和解协议就无效了。甲公司当然有权索要5万元材料款。