如果应付职工薪酬——应付工资有贷方余额1000万元,需要发放的工资总额是100万元,需要冲回100万元吗?

不是冲回100万，在发放时：

借：应付职工薪酬（以前称应付工资）
贷：银行存款或库存现金

税务上，年底如有余额，在企业所得税汇算清缴期内没有支付时，会首先让你调增企业所得税应纳税所得额，内资企业还得按照税前可以列支的工资额标准进行测算，不得超过1600元/人/月，如果超过，也应调增企业所得税应纳税所得额（外资据实扣除，没有这条规定）。另外，在年度申报企业所得税时，外资企业应将工资标准及福利向税务局备案的（国税发[2003]127号）。