国务院部门下发的文件都称为“规章”吗？

当然不是了，如果是行政法规可以叫规章、条例、办法。他们所针对的问题不同。

“规章”是国务院各部委的行政立法行为，《立法法》对规章制定权限、程序等有规定,请查阅。
国务院各部委下发文件不一定都是行政立法行为，也可能只是一个具体行政行为。
立法法：http://www.dffy.com/faguixiazai/xf/200311/20031111130229-3.htm

不是，文件很多了！通知、决定、意见、建议、决议、函。办法、批复等等！！