毕业论文中所有的参考文献都需要在正文中标注么？

引用、参考的文献都应当用上标标出，这个是学术论文的规范做法。
毕业论文本身就是学术性的论文，理应按照规范来写。不规范的后果很可能 是被导师打回来修改，有的学生毕业论文写了四稿以上，大部分是论文格式等问题，所以劝你还是写的时候弄好一点，以后改的话会很麻烦的。

篇文章没有在文中直接或间接引用，只是看过了有点启发，也可列为参考文献，并应在正文中标出。（可标在应用了这个“启发”的那一段末）

1 符合规范
2 不算是参考文献

你只是毕业论文，要求没有学术论文那么高，学术论文主要是因为考虑到知识产权，侵权之类的问题，所以，必须把每一份参考文献都标明，但是，只要在末尾标注了，就可以在正文中不注释，因为，正文中太多的标注，会给人感觉，你这篇学术论文似乎是大染缸，似乎是别人的成果拼凑而成，所以，很多从命的学者，喜欢统一放在论文末了，一来，没有很多人关心，二来，可以显得都是自己的成果，真的有人要追究，也可以拿出底下的参考文献

把秘密都告诉你咯。。。

参考文献的格式
参考文献示例
（正文后空一行）
参考文献
（空一行）
[1] 王石平，刘克德，王江，张启发．用同源序列的染色体定位寻找水稻抗病基因DNA片段．植物学报，1998，40: 42-50
[2] 王明亮．关于中国学术期刊标准化数据库系统工程的进展[EB/OL] ．http://www.cajcd. edu. cn/pub/wml. txt/980810-2.html,1998-08-16/1998-10-04．
[3] 刘克德．水稻广亲和性遗传基础的全基因组分析及S5位点区段部分物理图谱的构建．[博士学位论文]．武汉：华中农业大学图书馆，1998
[4] 全国文献工作标准化技术委员会第六分委员会．GB 6447-86文献编写规则．北京：中国标准出版社，1986
[5] 张启发，李建雄．水稻杂种优势的遗传和分子生物学基础的研究进展．王连铮, 戴景瑞主编, 全国作物