在合同期内考上研究生，单位不放，除非支付巨额的培训费和其他的费用，这种做法合法吗？

你大可放心，单位强留你的个人档案是违法的，不会你的学业。

至于培训费这些，要看你签的合同了。这属于民事法律关系，只要法律没有明文禁止，你和单位的合同就有效。所以你有赔付费用的可能。

当然根据公平原则数额不会太离谱

支付巨额的培训费和其他的费用不知道你说的巨是多少？
一般来说，违约金是按照你的年限即你还要在这公司干的年限乘以一金额一般100-200多吧！也有其它的计算方法像按月。但违约金额都不会太离谱的。
还有就是你的合同内容了。到底说明没。要是没有可以说公司做法是违法的。可以诉诸法律！