轻伤案公安交到检察院在两次事实不清的情况下，检察院应该怎么处理

根据《刑事诉讼法》规定，如果检察机关对于公安机关移送审查起诉的材料认为证据不足、事实不清，可以退查，经过两次退查仍不能查清，则可以存疑不起诉。
在这种情况下，被害人如果对于检察机关的作法不服，可以依据《刑事诉讼法》的规定，委托律师从公安检察机关调取证据，自行起诉。