如何确定PCR扩增产物分子量

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你自己不是已经回答了吗？
将PCR产物和Marker放在同一块胶里跑电泳（当然是加在两个加样孔中）。Marker一般都有很多条带的，看你的产物在哪两条带之间，就可以估计了。当然也可以拍照后用软件分析，不过也是个估计而已。