合作医疗只限于当地医院吗

原则上应该可以的
合作医疗一般分级报销，不过报销的比例有所不同，一般在乡级医院报销比例最高，县级次之，在县外看病，可能起付线高，而且报销比例也低。
咨询一下当地的合作医疗管理机构是最好的办法

应该可以，你可以先去当地办合作医疗的地方咨询一下