代存费收入问题

我公司是分部门单独核算的，但是报税的时候是汇总在一起交税，我们公司有肉鸡事业部和肉兔事业部，如果肉鸡事业部要购入肉兔事业部的原材料，肉鸡事业部的会计核算可以抵扣吗？
收去的冷库代存费的帐务怎么处理呢？需要缴纳增值税吗？

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