为什么人不能在隧道里通行？（根本原因，如缺氧或是什么的）

没有这个说法呀，城市中的过山隧道还专门设有人行道。例如广西柳州市内有个隧道（好像是叫银山隧道吧），就有人行道出，机动车道，非机动车道。
对于那些大型海底隧道之类的可能是为了节省空间和投资，不设人行道吧，为了安全起见，不设人行道当然就不能通行了。

像行车的隧道,都是很危险的

大型隧道是专供车辆行驶的所以不设人行道。我明白你的意思，长的隧道深处会缺氧的，所以在长的隧道隔断距离会设个通风口（火车隧道除外，因为火车的运动可以产生风带进隧道）