能否在协议中约定由谁缴纳税金

一般来说，税由谁来交都是确定的，不能更改，每一种税都有自己确定的纳税人。比如说委托加工的增值税、消费税，税具体由谁来交都是确定的。
至于1楼所说的房产税，纳税人为房屋产权的所有人。产权出典的，由承典人纳税，未确定产权的，由房屋代管人或者实际使用人缴纳。因此，这个税种并不是可以随意约定具体税负由谁承担的。

但是税法没有规定具体纳税人的，可以从合同。

可以.但是要分是什么样的税种.如果是房产税这个是可以的.

与税法有抵触的，按税法执行。