甲方直接扣除税金，在当地上税，帐务怎样处理

扣税时：
借：应付账款（或其他相关科目）
贷：应交税费－明细科目

交纳时：
借：应交税费－明细科目
贷：银行存款（或库存现金）

甲方的账务处理
借:应付账款
贷:应交税金-代扣代缴什么什么税
银行存款

乙方的账务
借:银行存款
应交税金-代扣代缴什么什么税
贷:应收账款

借:主营业务税金及附加或是所得税或其他
贷:应交税金-代扣代缴什么什么税

根据你的情况，应该属于建筑业的代扣代缴行为，也即在劳务发生地纳税。此时甲方：
借：应付账款
贷：应交税金－代扣代缴营业税、城建税
贷：其他应付款－代扣代缴附加费

缴税时：
借：应交税金－代扣代缴营业税
借：其他应付款－代扣代缴附加费
贷：银行存款

建筑方企业：
借：主营业务税金及附加
贷：应收账款

你应当索取申报表及完税证（最好是原件，对方可以留复印件做账）