我公司是小规模纳税人，已经3个月零申报了，会不会废掉税务登记证？

不会的，但长时间零申报的，最好向税务局事先作个说明，否则会引起关注的。

在税务机关办理税务登记的企业必须按照税务机关核定的税种及税率或税额按期申报纳税，逾期不申报，经税务机关责令限期改正后应在限期内申报。如仍不申报，税务机关可以核定其应纳税额。
责令限期改正仍不申报的企业，经主管税务机关实地调查，确认企业已经人去楼空，无法联系，或没有了固定的生产经营场所，可以认定为非正常户，并向社会公布其税务登记证失效。

不会的,只要是纳税企业,登记证就不会轻易被取消.

不会，如有事专管员会来找你的。

当然不会。
但是千万别忘记做零申报，否则会被罚款。