土地证与房产证名字不符,房屋所有人算谁的?

现在有A和B
A有土地证 B有房产证
本来是农村的集体土地,不属于国家土地的,房子拆迁了,原来的房子重新分到2套房子,由于是拆迁房现在还没有办理新的房产证.现在房子是由A在居住.
过几年等可以办理房产证的时候,按法律来讲,那么房子到底是属于A的还是B的呢?或者说A和B应该怎么保障自己的权益呢?
现在问题发生变化,

详细是这样的
建造房子的时候,申请人是B,办理房产证手续都是合法的.但是在几年前,B还有其他姐妹(按农村讲女的是分不到房子的.)还有A和B的父亲私下都跟A签定了一份协议,说明这房子是A一个人建造的.没有公证.
实际上房子大部分是A和B的父亲造的，一部分是A和B造的.但是造房出资没有留下证明.
那么,A是不是就是房屋的所有人呢?协议是否有效?
如果闹上法庭,房子到底算谁的?
如果B的妻子想打官司能分到房子吗?

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