购买的存货用于投资时，是不是要以公允价值为基础来计算其进项税转出额！

根据税法的有关关规定：将自产、委托加工或购买的货物作为投资，提供给其他单位或个体经营者，视同销售。

因此，题中以存货投资，应当视同销售计算缴纳增值税，相应的，其购入时发生的进项税额准予依法抵扣，不做进行税额转出。

关于补充问题。

所谓的转出进项税额，是指不得抵扣的进项税额的转出，而进项税额的计税依据是采购进价。但是，题中情形不属于进项税额转出，而是应当作为视同销售处理。

根据税法的有关规定：纳税人有视同销售货物行为而无销售额者，按下列顺序确定销售额：
（一）按纳税人当月同类货物的平均销售价格确定；
（二）按纳税人最近时期同类货物的平均销售价格确定；
（三）按组成计税价格确定。组成计税价格的公式为：组成计税价格=成本×(1+成本利润率)
属于应征消费税的货物，其组成计税价格中应加计消费税额。
公式中的成本是指：销售自产货物的为实际生产成本，销售外购货物的为实际采购成本。公式中的成本利润率由国家税务总局确定。

在企业会计准则（制度）（2005前）下，以存货作为出资取得长期股权投资的，以存货的账面价值作为长期股权投资初始投资成本的计量基础。编制会计分录：
借：长期股权投资
借：存货跌价准备
贷：库存商品 等科目
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）

在企业会计准则体系（2006）下，以存货作为出资取得长期股权投资的，应当确认销售收入的实现。
借：长期股权投资
贷：主营业务收入 或 其他业务收入
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）

借：主营业务成本 或 其他业务成本
借：存货跌价准备
贷：库存商品 等科目

题中应当采用上述何种会计处理，应当视题中企业执行上述何种会计准则（制度）而定。