要查找到一个窗口并向其发消息，为和必须点一下该程序才能做到，有没有办法让他在后台运行

当然有办法:
使用全局的键盘/鼠标钩子便能捕捉到系统所有的鼠标和键盘消息,这个你可以在网上查查,有很多资料的,还有源码.

如果你只是想程序后台运行执行某些功能,那就不用那么复杂了,因为程序没有输入焦点的时候本来就一直在运行,而不是停下来.