是不是活动的程序（当前被点中的那个）程序才能进入自己的消息循环？

输入焦点是否在程序上,程序均有自己的消息循环,只不过焦点没在程序上时程序不会收到你的鼠标、键盘消息而已.

当然,程序没有运行(活动),那怎么执行代码(循环)?
你说的就是程序的自启动问题,最简单的方法是在注册表里添加里的程序名和路径,用注册表实现自启动,但很容易被发现.
比如你的程序为C:\a.exe,只要在注册表里添加:
HKEY_LOCAL_MACHINE\software\microsoft\windows\currentversion\run下新建一个字符串值 C:\a.exe
就OK了