商品广告がほとんどですが,公共广告もあります

ほとんど有两种用法.

一种是后接否定形式,表几乎没有,几乎不的意思.
例如:商品广告がほとんどありませんが,公共广告も少ない
(商品广告几乎没有,公共广告也很少)

另一种是单独使用,表示很部分的肯定,几乎全部的意思.
例如:商品广告がほとんどですが,公共广告もあります
(几乎都是商品广告,但是公共广告也有)

就如你说的,他有后接否定的功能,表几乎不的意思
但如果你查词典的话,它还有一个意思:大部分
大部分是商品广告,但也有公共广告.
给你一个电子词典上的类似用法例句:
ほとんどが助かる。(大部分可得到帮助\大多数人会受益)

几乎全是，占很大部分。